特色研究中心
流域生態環境保育研究中心
流域生態環境保育研究中心之成立目的為研究流域水域環境生態學及復育流域生態環境，協助韌性流域生態環境經營管理，以達成生態環境保育的目標。本中心工作包括協助工程機關執行工程生態檢核，生態檢核是一個讓工程與生態共好的機制，內容包括歷史資料蒐集、民眾參與、棲地評估、生態調查、影響評估、友善措施、監測及維護管理監測等工作。
本中心之願景為促進人類活動與自然生態環境的和諧共處，近期協助參與多件公共工程金質獎競獎，工程皆獲得獎項。從各項工程項目的規劃、設計和施工階段提供了重要的指導，減輕工程對生物與生態系的影響，確保了生態、防災與經濟發展之間的平衡。
太陽能電池中心
本中心傅耀賢主任帶領研究團隊，研發了零污染、低碳排的廢棄太陽能板回收系統「PV Circulator」，致力於解決全球1.2億噸過期光電板的環境問題，並推動材料再利用以實現循環經濟。傅教授指出，降低處理成本可增加回收量，而這項系統能有效回收具價值的材料，同時壓低成本，提升回收效益。由本校衍生公司鴻躉開發的系統獲歐美廠商高度詢問合作機會。
在傅耀賢教授主持的經濟部價創計畫、TREE計畫及國科會等支持下，創立本校首間衍生公司「鴻躉股份有限公司」，本校已成功技轉30多項專利予鴻躉公司，總金額超過1.5億台幣，並協助公司完成募資成長計劃，於2024年7月進駐台南科學園區，目前已在美國加州和臺灣桃園啟動設備運轉，資本額成長至2.3億，2024年11月再以50元股價增資2000股，募資1億，使資本額達2.5億新台幣。
太陽能電池中心自112-113學年度獲得獎項如下：
☆ SelectUSA Investment Summit 2023 CleanTech（美國）
★ InnoVEX 2023 ESG & Green Tech Award
☆ Intersolar Award 2023 Finalist前十名（歐洲）
★ VivaTech x TotalEnergies On 2023 Finalist前十名（法國）
☆ TIE Award 2023
★ 2023 國家新創獎
☆ CES Innovation Award 2024（美國）
★ POwR Earth–Renewable Energy Recycling Award 2024（法國）
鋰電池研究發展中心
鋰離子電池研究發展中心於2011年在能源國家型計畫支持下成立，致力於開發兼具良好運轉性能及高安全性之鋰離子電池材料。目前建有硬幣型電池與18650型全電池組裝測試線，可進行半電池及商用規格之全電池測試以驗證材料特性。
除學術研究，本中心為增加學界與產業界的互動與連結，於2015年成立「鋰離子電池產學聯盟」，攜國立成功大學跨維綠能材料研究中心等單位共同舉辦「先進鋰離子電池」系列大型研討會共9場，邀請來自臺灣、美國、日本、西班牙等地之專家學者與產業人士互動交流，平均與會人數超過200人；另也舉辦小型研討會、座談會及培訓課程共5場，在產學接軌及國際交流方面持續發揮影響力，期能使中心成為臺灣鋰電池產業進步的推手。
產學發展激勵制度制定與推動策略
為促進教育部、國科會與企業參及本校產學合作人才培育，提升學術研究升級與發展，全面性學術成果普查、資源整合與產業合作具有重要的支持作用，整合資源促進研發創新、縮短學用落差，統合產學領域資源並積極合作，以強化教師和學生的軟實力並提升競爭力，成為主要學術研究與產業合作推動重點。
- 整合各種政府補助產學合作資訊，積極轉介產官研計畫推廣至各系所。
- 全面性學術成果普查及資源整合，強化與產業界的合作，促進產學研深度結合。
- 挹注資源提升各學院特色之發展，透過校內各式獎勵制度，儲備教師研究能量。
本校致力於成為一所全球前列、具有卓越創新力和社會責任的教學兼顧研究型的大學。在擁抱知識不斷前行的努力下，以推動科學、技術和教育人文領域的發展，具體推動成果如下：
引領產官學合作新典範
本校於近年來在產官學合作方面取得顯著成績，透過與各方的緊密合作，有效促進技術轉移、人才培養與創新創業的氛圍，為學術研究與產業發展搭建了一座溝通橋樑；並以其深厚的學術底蘊和前瞻的創新精神，積極推動產官學合作，成為推動地方創新與發展的重要力量。透過與產業界的緊密合作，不僅加速了學術研究成果的轉化應用，也為學生和教師提供了豐富的實勉機會，促進人才培養與技術創新，實現社會貢獻與永續發展。
本校以培育永續社會力，研發再生能源技術移轉為主軸，其綠能系、太陽能電池中心主任傅耀賢教授研究團隊研發太陽能板完全回收技術，獲得多項大獎，2024年再度以10,930萬8,000元技轉金額授權鴻躉公司，本校取得6%技術股：新臺幣655萬8,480元。鋰離子電池研究發展中心主任張家欽教授研究團隊研發廢棄鋰電池的處理方法，技轉競零再生科技公司，以新臺幣978萬8,810元技轉金額授權，本校取得6%技術股：新臺幣58萬7,330元。