依本校組織規程，本大學設校務會議，議決校務重大事項，由校長、副校長、教務長、學務長、總務長、研發長、國際長、各學院院長、館長、主任秘書、教師代表、職員代表、技工工友代表及學生代表組成之。審議下列事項：
- 校務發展計畫及預算。
- 組織規程及各種重要章則。
- 學院、學系、研究所及附設機構之設立、變更與停辦。
- 教務、學生事務、總務、研究及其他校內重要事項。
- 有關教師評鑑辦法之研議。
- 校務會議所設委員會或專案小組決議事項。
- 校長連任事項，及卸任表揚事項。
- 會議提案、校長提議事項。
校務會議代表除學術暨行政主管代表依其職務任期為任期外，其餘代表任期為一學年。111 學年度校務會議代表審議案件計14 件，涉及對於社會責任及公司治理相關議題，惟校務會議代表並無績效事項之執行，故無績效評估，但對於會議之決議執行情形有其追蹤管考。
為落實中長程發展計畫及發揮循環式品質管理（PDCA）機制，本校掌握校務發展計畫實施進度進行稽催管考，針對校務發展計畫所欲達成之各項關鍵指標執行情形，不僅透過單位主管及承辦人員確實執行，更藉由各項會議與工作小組，每項會議納入前次會議決議案執行情形，並視實際運作情形檢討，作為決議案後續辦理進度及成效之管考機制，並輔以稽核與內控定期管考，以落實達成治校願景與目標。
除了持續強化辦學基礎營運效率與效能，本校規劃校務發展計畫，因應國家發展政策、產業科技需求、全球化趨勢及校務發展之需要，適時調整計畫內容，以凝聚全校共識、制訂群策群力之方針，並提升南大綜合競爭力，引領學校成為「具卓越教學、特色研究，並能實踐社會責任與國際接軌的永續大學」。